毛利侦探事务所突然接到一通威胁电话。之后，路上的汽车就在小五郎的眼前爆炸了！“蓝色的少年与蓝色的斑马，从天而降的雨……”根据犯人寄来的挑战书，若不能解读谜之暗号，便无法阻止接下来的爆炸。小五郎和毛利兰在米花市内来回奔走，却完全找不到破解暗号的方法。另一方面，此时的江户川柯南与灰原和少年侦探团一起，沉浸在观看最爱的足球比赛的快乐之中。正当比赛渐入佳境之时，从兰打来的电话那里，柯南得知了威胁电话的事情。柯南为了解读暗号独自一人离开赛场，却得知了无人能够阻止的恐怖事实。

海报中我们看到被认为是已故的FBI警探“赤井秀一”的迷之男子，以及柯南和中枪的世良真纯。而真纯的台词说着：是他……吗？此前的预告片中狙击枪瞄准镜、某高塔的剪影等画面都和本次的海报相互呼应，看来这次剧场版终于要进主线了！剧情是否也能像TV版中“红与黑的对决”一样饱满刺激呢？让我们拭目以待！

对于你那4年执政中桀骜不驯的态度，上天将给予惩罚!’ 突如其来的，在朝仓都知事那知道神秘的恐吓信函...。隔天，由都知事主导开通的新地下铁隧道遭到炸毁!虽然多亏柯南知道恐吓信而使得这次爆破事件没有人员伤亡，但是，夺取都知事性命失败的犯人势必将再次犯案，并带来更大的灾害，调查朝仓都知事历年事政的柯南，察觉到极有可能是在国土交通大臣时代所推动的水坝建设案中，怀有恨意的犯人就在那相关关系人等之中，因此决定进行深度搜查。

京都的舞鹤港口,日本海上自卫队正在举行难得的搭乘宙斯盾驱逐舰体验航海活动柯南、小兰、毛利小五郎和少年侦探团等人当选,与全国各地聚集来的孩子们一起登上了这艘装载着日本最先进武器的宙斯盾驱逐舰,体验着在电

铃木次郎吉以远高于他人出价的3亿美金将梵高的名作《向日葵》拍下这则梦幻大新闻向全世界播出，柯南与小兰也津津有味的看着转播。当正要征集专门保护《向日葵》的护卫队“七大武士”的时候，怪盗基德突然出现，宣战