星海奇航讲述的是地球少年雷雷与晶晶无意中救了流浪狗坨坨，并将它收养，但坨坨脖子上会闪光的奇异项圈引起了他们的注意。一天坨坨忽然失踪，在追赶坨坨的过程中，雷雷和晶晶在森林中发现了无数象坨坨一样带着闪光项圈的地球动物，都如同被催眠了一般从四面八方走向林中停放的一艘奇异的飞船。